안세회계법인 마이 30분 Q&A

[사건 조심2010중2516, 2010.12.31] 상기 판례을 참고 해서 답변 부탁드립니다 좋은삼선병원 | 2013-10-28

개인의 토지에(특수관계인)법인이 건물을 건축후 (예)10년 임차후 임대인에게 토지을 원상복구하는 조건으로 임대차 계약을 체결 후 계약종료 후 임대인이 건물을 철거하지 않고 등기이전을 한다고 했을 때 쟁점이 되지는 않을 수 있을 것인지?

참조:행정심판,사건 조심2010중2516, 2010.12.31]와 비슷한 사례인데, 병원건물로 지었을 때 가 다름.
답변
특수관계자인 개인의 토지 위에 임차인(법인)이 철거조건부로 건축을 신축하여 자기의 명의로 등기하여 사용하던 중에 동 건물의 소유권을 임대인에게 이전하는 재화의 공급으로서 부가가치세를 과세하는 것이나 건물전체를 면세사업에 사용하였다면 과세제외되며, 임대인의 경우에는 토지의 임대에 따른 대가를 금전 이외의 것으로 받은 것으로서 부가가치세법 시행령 제49조의 2 제4항의 규정에 의해 과세표준을 계산하는 것입니다.

[관련 예규]
♣ 서면3팀-868, 2008.04.30
[질 의]
개인이 나대지를 법인에게 5년간 임대하고, 법인은 임차한 나대지 위에 법인(임차인) 명의로 건물을 신축하여 사업을 운영하다가 임대차계약이 만료되면 건물을 원상복구하든지 아니면 토지 임대인에게 무상으로 건물을 무상이전하기로 한 임대차계약을 체결함.
임차인이 신축하여 사업에 사용하던 건축물에 임대인은 건축물 신축가액(장부가액)을 매매가액으로 하는 건축물 매매예약계약을 체결하고 매매예약가등기를 하였음.
임차인이 임차료를 연체하여 계약기간이 만료되지 않은 시점(4년경과)에서 임대차계약을 해지하고 건축물은 매매예약가등기를 원인으로 한 본등기를 하는 형식으로 명의이전하려고 함. 이 경우 매매예약가등기상의 매매가액이 있음에도 불구하고 당초 계약상의 조건대로 무상이전하려고 함.
-상기와 같이 건물을 무상 이전하는 경우 부동산임대소득으로 보아야 하는지 여부와 건축물 소유자인 법인이 재화의 공급으로 과세되는 경우 그 과세표준

[회 신]
타인의 토지 위에 임차인이 건물을 신축하여 자기의 명의로 등기하여 사용하던 중에 당해 건물의 소유권을 임대인에게 이전하는 경우에는 재화의 공급으로서 부가가치세를 과세하는 것이며, 이 경우 임대인의 경우에는 토지의 임대에 따른 대가를 금전 이외의 것으로 받은 것으로서 부가가치세법 시행령 제49조의 2 제4항의 규정에 의해 과세표준을 계산하는 것으로 이와 관련된 귀 질의의 경우 다음에 게재하는 기존 회신사례(부가46015-1519, 2000.6.30.)을 참고하기 바람.

○ 참고예규: 부가46015-1519(2000.6.30.)
1. 사업자가 타인소유의 토지 위에 건물을 신축하여 일정기간 무상으로 사용 후 명도하기로 약정하고 토지소유자의 명의로 신축건물을 보존등기하는 것은 부가가치세법 제6조 제1항의 규정에 의한 재화의 공급에 해당하는 것으로서 당해 건물이 이용가능한 시기에 당해 건물의 시가를 과세표준으로 하여 부가가치세를 거래징수하여야 하는 것이며,
2. 토지소유자가 자기의 토지위에 다른 사업자로 하여금 건물을 신축하여 일정기간 사용하게 하고 그 대가로 건물의 소유권을 취득하는 것은 토지의 임대에 해당하여 부가가치세법 제7조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것으로서 부가가치세과세표준은 일정기간 토지의 임대용역에 대한 대가로 건물을 선불 또는 후불로 받는 경우에 해당하여 당해 건물의 시가를 일정기간(2과세기간 이상에 걸침)의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액으로 하는 것이며, 그 공급시기는 동법시행령 제22조 제4호의 규정에 의하여 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일인 것임. 다만, 공급시기가 도래하기 전에 동법 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우에는 그 교부하는 때를 공급시기로 보는 것임.

○ 서삼-1504(2005.9.12.)
[질 의]
-타인의 토지 위에 임차인이 철거조건부로 건축을 신축하여 자기의 명의로 등기하여 사용하던 중에 동 건물의 소유권을 임대인에게 이전하는 경우, 철거조건부 계약이 유효한 경우에도 동 건물의 소유권의 이전에 대하여 부가가치세를 과세하고 임대인에게 토지의 임대에 따른 대가를 선세금으로 받은 것으로 보아 부가가치세를 과세하는지.
[회 신]
타인의 토지 위에 임차인이 건물을 신축하여 자기의 명의로 등기하여 사용하던 중에 당해 건물의 소유권을 임대인에게 이전하는 경우에는 재화의 공급으로서 부가가치세를 과세하는 것임. 이 경우 임대인의 경우에는 토지의 임대에 따른 대가를 금전 이외의 것으로 받은 것으로서 부가가치세법 시행령 제49조의 2 제4항의 규정에 의해 과세표준을 계산하는 것임.