안세회계법인

과세사업자 여부에 상관없이 공급하는 재화 및 용역이 부가가치세가 과세 및 면세에 따라 세금계산서 또는 계산서를 발행하는 것으로 귀사가 참여기업에 제공하는 재화 및 용역이 면세에 해당하는 경우에는 계산서를 발급할 수 있습니다.

[관련 예규] ♣ 서면3팀-759, 2005.06.01
□ 질의내용
1. 주관기관이 전담기관으로부터 수령하는 정부출연금이 부가가치세법상 국고보조금으로 보아 과세표준에서 제외하는 것인지 용역의 공급거래에 해당하는지 여부
2. 국책연구과세 수행에 있어서 참여기업이 연구비의 일부를 부담하되 연구활동을 수행하는지 여부 및 소유권을 취득하는지 여부에 따라 부가가치세법상 과세거래에 해당하는지 여부
3. 주관기관이 참여기업이 부담할 연구비와 정부출연금을 일괄관리하면서 참여기업이 필요한 연구비를 배분하는 경우에 있어서 당해 연구비 배분이 부가가치세법상 과세거래에 해당하는지의 여부
4. 참여기업이 부담하는 기술료가 부가가치세법상 과세거래에 해당하는지의 여부
5. 국책연구과제를 수행함에 있어서 필요한 재료 및 기자재 등을 구입함에 있어서 발생하는 부가가치세를 공제받을 수 있는지 여부

【회신】
1. 사업자가 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것은 용역의 공급에 해당하는 것으로서 면세한다는 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 부가가치세 과세대상에 해당하는 것임. 다만, 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법 제7조 제3항의 규정에 따라 용역의 공급으로 보지아니하는 것임.
2. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세법 시행령 제38조 각호의 1에 해당하는 용역을 제외하고는 면세되는 것이고, 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 공급하는 때에는 부가가치세법 제12조 제1항 제13호 및 같은법 시행령 제35조 제2호 라목의 규정에 의하여 부가가치세를 면제하는 것임.
3. 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가(부가가치세를 제외)로 하는 것으로서 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하나, 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의해 과세표준에 포함하지 아니하는 것임.
4. 귀 질의 1의 경우 사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부 또는 정부의 위임을 받는 기관으로부터 국가연구개발사업출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우에 있어서 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업출연금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것임.
5. 귀 질의 2 내지 4의 경우 용역공급 해당여부, 과세 또는 면세여부, 과세표준 포함여부는 계약상 또는 법률상의 모든 원인과 공급의 주체, 거래주체별 책임과 의무 등 구체적인 사실관계를 종합하여 개별적으로 판단할 사항이며, 공동으로 기술을 개발하는 사업에 대한 그 결과물의 취득형태, 연구활동 수행여부 등에 따른 부가가치세 과세여부와 관련한 기 질의회신문(부가46015-105, 2001.1.15.)을 참고하기 바람.
6. 귀 질의 5의 경우 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재 화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 규정에 따라 매출세액에서 공제되는 것이나, 같은법 같은조 제2항 각호의 1에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임.