답변
부가가치세는 법인단위가 아닌 사업장 단위로 신고납부가 원칙입니다. 따라서 하나의 법인에 사업장이 2 이상인 경우 특정 사업장만 조기환급신고가 가능합니다.
귀사의 경우 질의가 명확하지 않은데, 합병후 각각의 사업장이 존재하는 경우로 총괄납부신청을 하지 않았다면 사업장별로 부가가치세 신고납부하는 것이므로 조기환급신고하려는 특정 사업장만 조기환급신고가 가능합니다.
◈ 부가가치세 기본통칙 24-72-3 【사업장이 2 이상인 경우 조기환급신고】
사업자가 어느 한 사업장에서 조기환급사유가 발생하는 경우 해당 사업장의 거래분만을 조기환급신고할 수 있다. 다만, 총괄납부승인을 받은 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다