안세회계법인

안녕하세요,
신규사업의 일환으로 여유부지에 창고를 지어 창고임대업을 개시하려 합니다.
건설회사 A와 창고건설 도급계약(총계약금액 20억)을 체결하여 공사를 완료하였습니다.
건설회사는 공사진행률에 따라 대금을 청구하면서 세금계산서를 발행했고, 당사는 매입세액공제를 받았습니다.
공사완료 후 공사내역을 확인해보니, 20억 중 토지정지공사비 4억이 포함되어있었습니다.
(경사지라, 토지 정지 작업이 필요하였음)
매입세금계산서를 확인해보니 전체 공사금액에 대해 발급이 되었습니다. 토지공사가 대한 별도 세금계산서를 발행하지 않고, 그냥 전체 도급계약에 대해 공사진행율별로 발급되었습니다.
결론적으로, 토지 공사관련 매입부가세 4천만원(4억*10%)을 매입세액불공제하지 않은 셈인데, 이경우 세금계산서가 토지와 창고 공사로 안분되지 않은 경우 수정신고는 어떻게 해야 하는지 궁금합니다.
감사합니다.